Keberadaan simpul Transportasi Pelabuhan Merak diapit dua sarana moda Transportasi yaitu terminal bus dan stasiun kereta. Namun, keterpaduan sarana modal Transportasi belum optimal terjadi mulai dari Infrastruktur fisik, jadwal keberangkatan, hingga sistem pembayaran. Kondisi ini diperkuat dengan hasil kajian Badan Penelitian dan Pengembangan Kementerain Perhubungan Tahun 2015 yang menyebut 63,92% penumpang Pelabuhan Merak menyatakan layanan alih moda Pelabuhan Merak belum terintegrasi.

Penaatan fasilitas antarmoda Pelabuhan Merak dapat dilakukan dengan merestrukturisasi kawasan simpul Pelabuhan Merak melalui penerapan Integrasi Antamoda, pengembangan konsep TOD (transit oriented development), serta pendekatan konektivitas antar simpul kegiatan yang ada di kawasan Pelabuhan Merak. Penerapan Integritas Antaramoda dapat meliputi aspek Integrasi jaringan, fungsi, pelaksanaan, pembiayaan, dan kelembagaan.